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3敏感度不同T檢查對中樞神經系統疾病，頭頸部疾病的診斷，大血管檢查等也有很大的價值核磁共振可以隨意做任何角度的切層，且無輻射對顱腦，脊柱和脊髓等的解剖和病變的顯示，都比CT要好。

和CT一樣，MRI也是解剖性影像診斷，很多病變單憑核磁共振檢查仍難以確診，不像內窺鏡可同時獲得影像和病理兩方面的診斷對肺部的檢查不優于X射線或CT檢查，對肝臟胰腺腎上腺前列腺的檢查不比CT優越，但費用要高昂得多對胃腸道的。