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缺點速度較CT慢費用相對較高，且金屬對核磁影響很大，體內有金屬異物等患者不能行此檢查，以免造成傷害對于有些疾病，往往是B超提供線索，再通過CT磁共振進一步診斷，有些病還要CT磁共振同時做才能確診，如我國的。