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3敏感度不同CT檢查對中樞神經系統疾病，頭頸部疾病的診斷，大血管檢查等也有很大的價值核磁共振可以隨意做任何角度的切層，且無輻射對顱腦，脊柱和脊髓等的解剖和病變的顯示，都比CT要好；CT掃描儀和核磁共振掃描儀的外形十分相似，它們所獲得的三維圖像也很相似，但是應該指出這兩種儀器的成像原理確是完全不同的CT掃描儀的原理相對比較簡單，它是利用不同密度的人體組織對X射線有著不同的吸收率的原理而設計的大家都知道；和CT一樣，MRI也是解剖性影像診斷，很多病變單憑核磁共振檢查仍難以確診，不像內窺鏡可同時獲得影像和病理兩方面的診斷對肺部的檢查不優于X射線或CT檢查，對肝臟胰腺腎上腺前列腺的檢查不比CT優越，但費用要高昂得多對胃腸道的。

CT輻射最大，X光片較小，核磁共振最小，目前還未發現有明顯輻射X片CT的基本原理是從陰級射線管發射出X射線射線穿過人體后照射到膠片上的感光材料，因為人體不同組織對射線的吸收量不同導致照射到膠片上的射線量也不。

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盡管核磁共振掃描儀和CT掃描儀的外形以及它們所獲得的人體的三維圖象非常相似，但是核磁共振掃描儀的基本原理和CT掃描儀的則完全不同核磁共振掃描儀的主體是一個穩定的磁場，這個磁場的方向和人體在儀器中運動的方向相同早期的核磁共振。

所以，核磁共振MRI也被戲說為是搖搖看的檢查就診時，醫生常會開各種各樣的影像學檢查單超聲CT核磁不少患者會質疑醫生故意開高價檢查單其實，醫生是依據不同病情選不同影像檢查的各種外傷，如果懷疑傷到。